Vücudumuzun daha küçük bir alanda temsil edildiği bölgelere Mikrosistem adı verilmektedir. Dr. Gleditsch mikrosistemlerin tedaviye daha hızlı cevap verdiğini ifade etmiştir. Bugüne kadar toplam 28 tane mikrosistem tanımlanmıştır.
Bunların arasında en yaygın kullanılan teknik Kulak Akupunkturu’dur. 1950’li yıllarda Fransız Dr. Paul Nogier’in kulaktan teşhis ve tedavi yöntemi olarak “Aurikulotherapy-Aurikulomedicine” tekniğini geliştirmesinden sonra Çinli doktorlar da kulak akupunkturu ile ilgilenmeye başlamışlardır. Kulak akupunkturunun vücut akupunkturuna göre en önemli farkı ve üstünlüğü, eğer bir doku ya da organda bir sorun varsa, o organın yansıma noktalarının aktif olarak bulunması, eğer sorun yoksa aktif olmamasıdır. Bu özellik nedeniyle, kulak akupunkturu, hem tanıda hem tedavinin takip edilmesinde hekime önemli bilgiler vermektedir.
Diğer mikrosistem yöntemleri arasında ağız içi, saçlı deri (Yamomato), el ve ayak akupunkturu gibi birçok yöntem sayılabilir. Lokomotor sistem hastalıklarında ağız içi akupunkturu, Yamamato’nun skalp (kafa) akupunkturu, Siener’in geliştirdiği NPSO ve elde küçük parmakta projeksiyon bulan mikrosistemler önemliyken, felç ve inme durumlarında Yamamato ve Çin kafa akupunkturu, bağırsaklarla ilgili sorunlarda ağız içi ve NPSO daha etkilidir.